1.- Un ambiente antinatural para los procesos cognitivos: Muchos sujetos no logran soportar durante largo tiempo el claustrofóbico ambiente de una máquina de Resonancia Magnética Funcional, lo que imposibilita que estos estudios representen equitativamente a todos los cerebros.

2.- Los escáneres constituyen medidas indirectas de actividad cerebral: Leemos a menudo descripciones populares de investigaciones con Resonancia Magnética Funcional, en las que se explica cómo se enciende el cerebro cuando piensa en dinero, o en sexo, o en Dios, o lo que sea. Sin embrago lo que hace la máquina realmente es alinear alguno de los átomos de sus tejidos con el campo magnético. la máquina mide la energía creada para formar las imágenes.

3.- El coloreado exagera los efectos en el cerebro: Las figuras de cerebros salpicados con regiones coloreadas, nítidamente definidas, son sumamente engañosas, porque hacen pensar en bloques de procesamiento bien definidos, cuando en realidad la actividad neuronal puede hallarse distribuida en más de una red difusa. Muchas regiones cerebrales se encuentran incesantemente activas durante diferentes tareas de procesamiento, y su adecuada separación constituye un problema que exige un diseño experimental cuidadoso.

4.- Las imágenes cerebrales son compilaciones estadísticas: Las imágenes captadas son seleccionadas en función de diferentes parámetros (movimientos de cabeza, cerrar los ojos,…) de todo el número de imágenes captadas. El escáner toma instantáneas de la actividad cerebral cada dos segundos solamente y ello genera centenares o millares de imágenes en cada período de escáner.

5.- Las áreas cerebrales se activan por varias razones: Cada área cerebral se activa en muchísimos estados diferentes. Carecemos de datos que nos digan cuán selectivamente activa es un área determinada.

Michael Shermer : Cuadernos Mente y Cerebro, nº 1. Pág- 90-96, 2012.